Автор(ы)

Назначение

Использование

Как работает fit_loops:

Выходные файлы из fit_loops

Примеры

Стандартный запуск fit_loops:

Возможные проблемы

Особые ограничения и проблемы:

Литература

Дополнительная информация

Список всех ключевых слов fit_loops

• fit_loops: Том Тервиллигер

fit_loops — это инструмент для построения петли в плотность. для соединения существующих концов цепи. Вы поставляете модель с зазором и файл последовательности и коэффициенты для карты электронной плотности, и вы указываете первый и последние остатки должны быть построены. Затем fit_loops попытается построить цикл, который вы укажете. С помощью fit_loops можно выполнять одну петлю за раз. (но если у вас есть несколько одинаковых цепочек, вы можете подогнать их все сразу).

Вы можете использовать любой из двух методов, чтобы подогнать петли. По умолчанию fit_loops использует расширение цепочки разрешения, чтобы попытаться отследить остатки с концов сегменты в вашем входном файле PDB. Если он может соединить сегменты, он выводит соединительные петли. В качестве альтернативы вы можете использовать библиотеку циклов, поставляемую с PHENIX, чтобы соединить концы сегментов из вашего входного файла PDB. если ты хотите получить более полный процесс построения модели, тогда вы захотите используйте phenix.autobuild . fit_loops можно запустить из командной строки или из графического интерфейса PHENIX.

Как работает fit_loops:

fit_loops вычисляет карту на основе предоставленных коэффициентов карты, затем пытается расширить концы поставляемой модели в область зазора, следуя плотности электронов на карте.

model_with_loops.pdb : выходом из fit_loops является новый файл PDB содержащий вашу входную модель с недавно построенным циклом, вставленным в это (если петля может быть найдена).

Стандартный прогон fit_loops:

Типичный ввод командной строки:

phenix.fit_loops pdb_in=nsf_gap.pdb mtz_in=map_coeffs.mtz \
 seq_file=nsf.seq start=37 end=43 chain_id=нет
 

phenix.fit_loops pdb_in=nsf_gap.pdb mtz_in=map_coeffs.mtz \
 seq_file=nsf.seq start=37 end=43 chain_id=нет \
labin="FP=2FOFCWT PHIB=Ph3FOFCWT"
 

phenix.fit_loops pdb_in=nsf_gap.pdb mtz_in=map_coeffs.mtz \
 seq_file=nsf.seq start=37 end=43 chain_id=нет \
loop_cc_min=0,1 

phenix.fit_loops pdb_in=nsf_gap.pdb mtz_in=map_coeffs.mtz \
 seq_file=nsf.seq start=37 end=39 chain_id=нет loop_lib=True
 

phenix.fit_loops pdb_in=nsf_gap.pdb mtz_in=map_coeffs.mtz \
 seq_file=nsf.seq connect_all=Истина
 

Особые ограничения и проблемы:

Список всех ключевых слов fit_loops

  -------------------------------------------------- ------------------------------ 
Легенда: черный  полужирный  - названия прицелов
        черный - имена параметров
        красный - значения параметров
        синий - справка по параметрам
          синий полужирный  - помощь прицела
        Значения параметров:
          * означает выбранный параметр (где доступно несколько вариантов)
          Ложь это нет
          Правда это да
          «Нет» означает «не предоставлено», «не предопределено» или «оставлено на усмотрение программы». 
          «%3d» — это дескриптор форматирования в стиле Python.
  -------------------------------------------------- ------------------------------ 
  фит_петли 
     входные_файлы 
      pdb_in= Нет PDB-файл с пробелом для заполнения.
      mtz_in= Нет Файл MTZ с коэффициентами для карты
      labin= "" Строка Labin для файла MTZ с коэффициентами карты. Это
             необязательный, если fit_loops может угадать правильные коэффициенты для FP
             ФИ и ФОМ. В противном случае укажите: LABIN FP=myFP PHIB=myPHI
             FOM=myFOM, где myFP — метка вашего столбца для FP
      seq_file= Нет файла последовательности (1-буквенный код, одна копия каждой цепочки)
      seq_prob_file = Нет Файл seq_prob.dat из разрешения выравнивания последовательности
     выходные_файлы 
      pdb_out= connect.pdb Выходной файл PDB (будет отсутствовать, если нет результата).
      log= Нет Выходной файл журнала
      params_out= fit_loops_params.eff Файл параметров для повторного запуска fit_loops
     фитинг 
      connect_all_segments=False Пытаться соединить все
      min_acceptable_prob= Нет Минимальная вероятность петли для рассмотрения
      Refine_loops= True Уточнить подобранные петли в loop_lib
      chain_id= None Идентификатор цепочки для цепочки, содержащей недостающие петли.  Если нет
                разрешен идентификатор цепи. Все отсутствующие сегменты, соответствующие chain_id,
                начало и конец будут подходящими
      start= None Начальное остаточное количество циклов, которые необходимо подогнать. если нет
             запуск разрешен. Все отсутствующие сегменты, соответствующие chain_id, начало
             и конец будет годным
      end= None Конечный остаток числа петель(ок), которые должны быть установлены. Если None любой конец
           позволил. Все отсутствующие сегменты, соответствующие chain_id, началу и концу, будут
           быть в форме
      remove_loops=False Удалить существующие остатки и заменить новым циклом
                    Подойдут все сегменты, соответствующие chain_id, началу и концу.
      skip_trim= True Если skip_trim=True (по умолчанию), то модель с добавленными петлями
                 будет выписан без проверки на совпадения с
                 остатки, не выровненные по последовательности. Если skip_trim=False, то это
                 будет проведена проверка.  Обратите внимание, что skip_trim=False может
                 привести к отмене назначения некоторых остатков из последовательности, если они
                 не может быть успешно сопоставлен с плотностью. В таких случаях вы
                 можно попробовать skip_trim=True.
      score_min= 1.0 Минимальная оценка соединения для connect_all_segments
      loop_cc_min= 0,2 Минимальная корреляция карты цикла с моделью
      агрессивный = False Агрессивное построение цикла (рискованный)
      loop_lib= False Использовать библиотеку петель для подбора петель Применимо только для
                chain_type = БЕЛОК
      standard_loops= True Использовать стандартную петлю
      trace_loops= False Использовать трассировку циклов для подбора циклов. Применимо только для
                   chain_type = БЕЛОК
      Refine_trace_loops= True Циклы уточнения (в реальном пространстве) после trace_loops
      density_of_points= None Плотность упаковки точек, которую следует рассматривать как
                         возможные атомы CA в trace_loops.  Попробуйте 1.0 для быстрого
                         запустить, до 5 для гораздо более тщательного запуска Если нет, попробуйте
                         значение в зависимости от значения quick.
      max_density_of_points= Нет Максимальная плотность упаковки точек в
                             рассматривайте как возможные атомы CA в trace_loops.
      cutout_model_radius= None Радиус плотности вырезания для trace_loops Если
                           Нет, предположим, исходя из длины цикла
      max_cutout_model_radius= 20. Максимальное значение cutout_model_radius для попытки
      padding= 1. Заполнение для вырезанной плотности в trace_loops
      max_span= 30 Максимальная длина пробела, который необходимо заполнить
      max_overlap= None Максимальное количество остатков от концов до начала.
                   (1=использовать существующие концы, 2=один от концов и т. д.) Если нет, установите
                   на основе значения quick.
      min_overlap= None Минимальное количество остатков от концов до начала. 
                   (1=использовать существующие концы, 2=один от концов и т.д.)
      target_insert= None Вы можете попытаться принудительно установить количество остатков
                     вставить с trace_loops. Если нет, попробуйте заполнить пробел
                     в зависимости от количества недостающих остатков. Если установлено и
                     больше 0, принимается только указанное количество остатков.
                     Если ноль, берите любую длину. Не поддерживается.
     кристалл_информация 
      разрешение= 0. предел высокого разрешения для расчета карты
      chain_type= *PROTEIN ДНК РНК Тип цепи (для идентификации основной цепи и
                  боковые атомы)
     каталогов 
      temp_dir= "temp_dir" Необязательный временный рабочий каталог
      output_dir= None Выходной каталог, в который должны быть записаны файлы
     управление 
      verbose= False Подробный вывод
      quick= False Старайтесь бежать быстро
      поднять_сорри = False Поднять извините, если проблемы
      debug=False Вывод отладки
      dry_run=False Просто прочитайте и проверьте имена параметров
      ough_grid=False Использовать грубую сетку (экономит память)
      resolve_command_list= Нет Команды для разрешения.  По одному на строку в
                            форма: значение ключевого слова может быть необязательным
                            Примеры: разрешениеrough_grid 200 2.0 hklin
                            test.mtz ПРИМЕЧАНИЕ: для использования командной строки вам необходимо
                            заключайте весь набор команд в двойные кавычки
                            ("") и каждая отдельная команда в одном
                            кавычки (') вот так:
                            resolve_command_list="'no_build' 'b_overall
                            23 '"
     gui   Параметры графического интерфейса пользователя, не используемые в командной строке 
      файл_результата = Нет
      job_title = Нет Должность в графическом интерфейсе PHENIX, не используется в командной строке